1、毕业生就业主管部门的保护。毕业生就业主管部门可通过制定相应的规则来确定毕业生的权益，并依据国家的法律和政策规定对侵犯毕业生权益的行为予以抵制或处理。
如：对不履行就业信息公开登记手续，侵犯毕业生获取信息权的单位，省毕业生就业主管部门对其上报的协议书不予签证、不予审批就业方案和打印就业报到证；严重者将取消其录用毕业生的资格。 保护毕业生的合法权益不受侵犯，对就业主体双方存在的争议和违约等问题进行协调处理，直至仲裁。
2、髙校的保护。学校对毕业生权益的保护最为直接。学校可通过制定各项措施来规范毕业生就业指导和就业推荐，对于用人单位在录用毕业生过程中的不公平、不公正行为，学校有权予以抵制以维护毕业生公平录用权。
高等学校在毕业生签订就业协议过程中应进行监督和指导。对于用人单位与毕业生签订不符合国家有关政策规定的就业协议，学校有权拒签，未经学校审核同意的就业协议不能作为编制就业方案的依据。
3、毕业生自我保护。毕业生权益保护的一个重要方面就是毕业生进行自我保护，具体体现在3方面：毕业生应了解目前国家和省、市关于毕业生就业的有关方针、政策和规则；毕业生应自觉遵循有关就业规则，接受其制约，保护自己的就业行为不违反就业规则，不侵犯其他毕业生和用人单位的合法权益；毕业生应学会运用法律手段维护自身的合法权益。
针对侵犯自身就业权益的行为，可首先与有关用人单位协商解决。协商不成的，可向签订协议所在地的毕业生就业工作主管部门申请调解，也可依法向有关部门申请仲裁或直接向人民法院提起诉讼。
